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Un experimento correctamente conducido requeriría comparar una muestra con otra muestra tratada idénticamente de todas las formas excepto de una. Si las muestras resultan ser diferentes, entonces sería posible atribuir la diferencia en los resultados a una diferencia en el tratamiento.

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Emoto obtuvo un valor de "belleza" media de 24 fotos de cristales del "agua tratada" de 2. Este experimento tiene fallos de diseño que lo invalidan como científicamente correcto.

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El propio Emoto admite en sus escritos que su sistema de trabajo normal consiste en obtener 50 fotografías de una muestra, obteniendo desde fotos de errores microscópicos en humanos regulares y atractivos a cristales muy poco atractivos, para elegir luego, personalmente, aquella que él cree que representa el espíritu de la muestra.

Es el fotógrafo el que produce los resultados del experimento, entendiéndose que si se cambia de fotógrafo los resultados serían distintos. La realización de 24 fotos del agua "tratada", pero sólo 16 del agua "no tratada" no es aceptable tampoco para la ciencia.

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Se perfecciona mucho el diseño y la ciencia no plantea objeciones al mismo, lo acepta inicialmente como "suficientemente" científico. Se cumple "A". Pero no se obtiene "B", los resultados buscados por Emoto, sino los resultados previstos por la ciencia.

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En ambos experimentos de y Emoto documentó detalladamente todo lo que había hecho, suministrando él mismo las pruebas necesarias para fundar las posteriores críticas científicas. Si no hubiera él mismo avalado fotos de errores microscópicos en humanos firmado esos documentos, la ciencia tendría muy pocos materiales para construir una crítica documentada, que es el problema habitual con casos similares en donde la vaguedad de los experimentos dificulta cualquier crítica.

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